部分忍者具有特殊的组合技能,在使用一个技能时有概率让另一个技能同时触发变成更强大的组合技能。这些组合技能会有区别于原来两个技能的效果,也会让原来的两个技能都进入冷却时间,但是它是收益往往比两个技能分别释放的收益大。当然不是所有的忍者都有组合技能,能够拥有组合技能的忍者只是少数。
卑留呼的组合技能需要从一技能划到二技能,在触发防反后从一技能划到二技能的二段也能触发组合技,这种组合技可以连续输出对敌方造成连续攻击。千手柱间在使用二技能或者防反的组合技能时会召唤出扉间来协助战斗,两人一个控制一个输出能够让敌人无法闪躲技能。神秘面具男的组合技有三段伤害,每一段伤害都有不同的攻击方法对敌方造成伤害,最后一段伤害还会将对方摔在地上无法行动。青年艾的组合技能能够让他快速攒够四个豆进入霸体状态,处于这个状态下的他对敌方造成的伤害会增加同时受到的伤害会减少,并且组合技还能向前方突进并抓取敌人,这样就能够更容易打中他。大野木的组合技能有很多,不同技能之间的组合具有不同的效果,在不同时刻使用不同的组合技能够有效提高自己获胜的几率。
因为组合技的威力比较大因为在战斗中能够释放的次数有限,玩家每使用一次组合技都要找好时机让它发挥出最大效果。比如在敌方被控住或者身上有负面状态时使用能够增加组合技的命中,在敌方的防御降低时使用可以提高组合技的伤害。